生活在京都的天童纯是个不太有自信的十五岁男孩父亲七年前死于事故，此后纯一直和母亲两个人过日子。这天，纯在放学回家的路上被神秘魔物追赶，危急之中逃入一所古寺，僧人源云救了他。谁知纯就此被带往时空的彼方…… 恢复意识的纯发现自己竟身处平安时代的京都。纯从贵族那里听说了关于“鬼”的事情。“鬼”使用各种妖术操控自然、危害人们的生活。而穿越时空而来的纯正是能唤醒幻之大蛇、结束纷争的“拯救之神子”。了解到自己的身份之后，纯感到不知所措。 鬼族少女水叶告诉纯，“鬼”并不是恶魔，而是力图与自然共存的人。哪一方说的是真话？我又该守护哪一方？在纯的踌躇矛盾之中，人与鬼的大决战临近了……
