在遥远未来的公元2195年，人类在火星的殖民地被称为“木星蜥蜴”的神秘木星生物袭击，由于彼此科技有差距，地球军大败，火星殖民地被摧毁，地球连合军立刻提升军力以备战敌人而此时一个不属于地球政府的私人集团——尼尔加(NERGAL)重工，研制了一艘火力强大、站在人类科技尖端的的宇宙战舰，这艘战舰的名字就叫做抚子(NADESICO)。本故事就讲述一班在抚子号上的成员的经历，他们一方面和木星蜥蜴作战，另一方面又要在地球政府吞并的压力下力求独立自主，而他们随着不断的战斗，渐渐揭开隐藏在背后的惊人事实真相……
