从前奥特战士和贝利亚的战斗，在地球人之间就像传说一样被流传着六年前曾出现过一次怪兽，骚动平息后和平的日子一直持续至今。主人公.朝仓陆从小到大都不知道自己的双亲是谁。小时候遇见了裴佳莎星人的裴佳，将其藏在自己的影子里，目前住在星云庄内。是一个憧憬英雄的普通青年。某一天，六年前的怪兽再次出现！星云庄被它肆意践踏，不知道该往哪里逃的陆和裴佳，意外发现了藏在地下深处的秘密基地。从基地的AI.雷姆那里拿到了「奥特胶囊」的陆，变身成为了奥特曼GEED！虽然击退了怪兽，但是这个奥特曼的姿态却酷似贝利亚。接二连三出现的怪兽的目标都是能源体「LittleStar」。这背后隐藏着的贝利亚的阴谋，察觉到这点的赛罗奥特曼来到了地球。继承了贝利亚的遗传基因的陆，他与命运抗争，想要成为真正英雄的战斗就此开始。
