此时清兵进入福建，郑成功与父亲数次在和战的问题上争执郑芝龙最终决定投清。郑成功劝说无效，与父亲决裂。郑芝龙投清后被软禁，明唐王也因此出走后被清兵擒杀。郑成功通过重重困难获得了郑家军的领导权，继续抗清的斗争。清兵一边劝降郑成功，一边偷袭郑成功的老家，郑成功的母亲因此丧生，让郑成功悲痛欲绝。此时，台湾人民正处于荷兰人高压统治的水深火热之中，郑成功暗中支持以旧部郭怀一为首的抗荷斗争，并承诺有朝一日一定要收复台湾。 郑成功与清兵的战斗获得了胜利，显示出郑成功卓越的军事才能。郑成功并兴兵北伐，但在南京一役中却因为一念之慈而遭受重创。此时郭怀一在台湾的起义也失败。郑成功将目光投向台湾，打算将台湾作为自己发展的基地。他一面与台湾的荷兰总督揆一软硬兼施，又用计麻痹了荷兰海军总司令，恰好旧部——荷兰通事何斌向郑成功献上台湾水域图。郑成功秣马厉兵，积极准备东征台湾，也在此时，他结识了荷兰女子——琳达，两人陷入爱河，但郑成功并不知道琳达是揆一的妹妹。
